Buenos días Laura:
Me encuentro exactamente en la misma situación (y, supongo que al igual que tú, ya pagué el porcentaje correspondiente a la convalidación en el momento de hacerlo en el primer curso).
Mi impresión es que es un "fallo" de programación de la aplicación de matrícula. Si te vas al apartado de expediente y te fijas en los créditos que te faltan para acabar, puedes comprobar que, sumando los restantes (excluyendo la optativa), cumples perfectamente la cantidad de créditos restantes, con lo que obviamente tendrías derecho al título (o al menos así lo entiendo yo).
Saludos y suerte,