Hola,
Te cuento lo que sé. Hasta hace un par de curso podías pedir la devolución de lo ingresado indebidamente, incluso modificar la matrícula 100 veces hasta el plazo límite que daban, pero eso lo han cambiado ya.
Que yo sepa, ahora ya no devuelven el dinero en casos como el tuyo, pero no te lo confirmo con total seguridad, mejor ponte en contacto con tu negociado.
Ahora se puede modificar la matrícula sólo una vez si todo se queda igual, tanto créditos como euros. Es decir, cambia esa asignatura por otra en segunda matricula, que tenga los mismos créditos.