Has puesto o no has puesto la beca? No se entiende.
Si no la has puesto, la has pedido, y aún no te han cobrado, deberías llamar cuanto antes a ver si te hacen el favor y te lo cambian manualmente.
La beca, en caso de que te la concedan, el MEC se la ingresa a la UNED, no a tu cuenta, así que tú matrícula la pagarías dos veces y tendrías que pedir la devolución la cantidad que pagaste en exceso.
En cursos pasados, en situaciones así, la UNED devolvía la cantidad pagada en exceso, tardaba meses en hacerlo pero devolvía. Ahora hay otra normativa, que ya no se devuelve dinero si el error no es imputable a la UNED, y no sé muy bien si se aplicaría esto en tu caso, deberías confirmarlo con el negociado.