El 28 de noviembre de 1999, horas después de que ETA anunciara la ruptura de la tregua, Aznar compareció ante la ciudadanía: “El Gobierno ha hecho, hace y hará todo cuanto esté en su mano por buscar los caminos de una paz definitiva (…) Tengo la seguridad de que triunfará la voluntad de paz que todos los españoles compartimos y que entre todos haremos realidad ese camino de esperanza”.
Aznar : “El Gobierno ha adoptado decisiones significativas en materia penitenciaria. El Gobierno ha promovido fórmulas que facilitaran el regreso de aquellos que por su relación pasada con la violencia terrorista residían fuera de España”
Aznar: “En la política penitenciaria se han dado pasos muy importantes. Ha habido diálogos con la organización terrorista, ha habido diálogo con las organizaciones que apoyan a la organización terrorista. Es decir, ha habido muchas iniciativas. Se ha invitado a personas que estaban fuera del país a que volvieran y se ha impuesto por encima de todo una clara voluntad de paz (…)”.
En mayo de 1999, ocho meses después de que ETA declarase una tregua indefinida, el Gobierno de José María Aznar se sentó a negociar con la banda terrorista en la ciudad suiza de Zúrich. La reunión entre representantes del Ejecutivo y de ETA tuvo lugar el 19 de mayo, en un hotel de Zúrich, y en ella participaron los etarras Mikel Albizu alias “Mikel Antza”, entonces jefe del aparato político de la banda, y Belén González Peñalba, “Carmen”. Por parte del Gobierno, Aznar envió al secretario general de la Presidencia, Javier Zarzalejos; al secretario de Estado de Seguridad, Ricardo Martí Fluxá, y a su asesor personal, Pedro Arriola. La reunión contó con un moderador, el entonces Obispo de Bilbao, Juan María Uriarte.
Durante el periodo de gobierno del PP se produjeron 311 excarcelaciones de etarras. De ellas, 64 correspondieron a terroristas condenados por asesinatos múltiples a penas superiores a veinte años (en algún caso superiores a doscientos y aún a trescientos años). Un caso especialmente significativo, es el del etarra Iñaki Bilbao, condenado a 52 años de prisión, que quedaron reducidos a 30 por efecto de la acumulación de penas, y de los que efectivamente cumplió 17. Iñaki Bilbao salió de la cárcel el 28 de septiembre de 2000, siendo Angel Acebes ministro de Justicia y Mariano Rajoy ministro del Interior. El 21 de marzo de 2002, Bilbao asesinó al concejal socialista de la localidad de Orio Juan Pried