Efectivamente: al pasar del Plan Antiguo al Nuevo se podía o bien convalidar el primer ciclo completo, o bien adaptar asignatura por asignatura; Canónico, al estar dentro del Primer Ciclo, contribuyó a dicha convalidación, y te queda pendiente en 4º.
El tema se planteó muchas veces en este Foro; es una pena que se te haya pasado. Efectivamente, debes matricularte en Eclesiástico, y mandar una nota al Departamento diciendo el año en que la aprobaste, y la calificación; y creo que presentarte al examen, y poner en él esos datos.