A ver si os puedo aclarar algo.
En primer lugar, el expediente que sale en la web de la UNED ya especifica que no tiene valor académico, por lo que deberiais pedir un certificado oficial. A falta de este certificado podéis comprobarlo en la resolución de convalidaciones que se os hiciera en su momento, añadiendole las asignaturas que hubierais hecho en la UNED.
En cuanto a donde está el expediente. Cuando un alumno se traslada de una Universidad a otra, su expediente (es decir sus notas, convalidaciones anteriores si las hubiera, etc...) permanecen en la Universidad de Origen, aunque esta Universidad ya no está facultada para emitir ninguna certificación.
Una vez que el alumno pide el traslado a otra Universidad, la Universidad de origen remite a la Universidad de Destino un Certificado Oficial de Traslado, desde ese momento ya no se tiene ninguna relación con la Universidad de Origen.
La Universidad de destino es la que desde ese momento certifica tanto lo que se haya cursado en ella como lo cursado con anterioridad.
No creo que el sistema haya cambiado desde hace dos año hasta ahora. Yo trabajé 14 años en una Secretaría de Alumnos y la cosa funcionaba así.
Espero haberos sido de ayuda