Los preceptos que mencionas no son contradictorios, al contrario, nos hablan de cosas muy distintas. En primer lugar debemos saber que los agentes de la autoridad únicamente gozan de la presunción de veracidad en materia de denuncias cuando se hallen en el ejercicio de sus funciones, esto es importante entenderlo, es decir, cuando termina su jornada laboral, si observa una infracción podrá denunciar, como cualquier ciudadano, pero estaremos ante una denuncia de carácter voluntario y deberá aportar todos los elementos probatorios suficientes para destruir la presunción de inocencia del supuesto infractor, es decir, el órgano instructor rechazará la misma si únicamente se aporta el testimonio del denunciante sin elementos probatorios de peso (fotografías, testigos...).
Por otro lado la L.O. de Fuerzas y Cuerpos de Seguridad que mencionas nos habla del deber de los agentes de velar por la defensa de la Ley y de la seguridad ciudadana, incluso cuando no estén de servicio, pero no olvidemos que cualquier ciudadano también puede velar por la defensa de la ley e incluso puede detener al que intentare cometer un delito (art.490 LECcrim). No existe conflicto entre ambos preceptos, porque hablan de cosas distintas.
Por otro lado te puedo asegurar que sé casos de policías que han sido suspendidos de empleo y sueldo por hacer precisamente eso, denunciar fuera del horario de trabajo y colar las denuncias para que fuesen tramitadas.