Kasbah.
Si yo ejerzo mi derecho de petición, y pido, digamos, que un Ministerio dado dicte una orden, el silencio va a ser destimatorio necesariamente. Si no, cualquiera puede pedir lo que sea, y si se traspapela su petición la llevamos clara.
Si yo pido que me den una concesión para poner un chiringuito, lo hago fuera de plazo, además, y no me contestan, el silencio tiene que ser desestimatorio.
Estos casos son más reales:
Si yo hago una petición, me la deniegan, y hago entonces un recurso de alzada, y no me contestan, entonces el silencio es desestimatorio. (Nota. Si a la primera solicitud no me contestaron, y el silencio era denegatorio, entonces tienen que contestar expresamente al recurso de alzada.)
Si yo soy funcionario, pido la compatibilidad, y no me contestan, entonces el silencio será desestimatorio (la Ley seguramente lo habrá regulado así).