Hola:
Pues entonces qué más justificación que esa, la entrega se hizo efectivo anterior a la firma de la escritura, como sois hermano, en un contrato de confianza verbal se hizo la entrega del efectivo.
Otra cosa es que hacienda quiera saber de dónde has obtenido el dinero para hacer el pago que creo que le importará poco, lo que querrá será cobrar los impuestos de la plusvalía, o el incremento de capital, etc.
Por lo tanto tenemos que saber concretamente qué es lo que necesitas, en un momento dado puedes cambiar el nomen del contrato, quiero decir, que aunque se le haya denominado escritura de compraventa, si en realidad lo que se ha hecho es una permuta, pues el compraventa se "transformará" en permuta, llegado el caso, con decir, lo que hemos hecho ha sido permutarnos las propiedades.
Es complicado dar una opinión sin tener todos los datos, me ciño a tu pregunta, la justificación de la entrega del dinero la puedes hacer con la escritura, más el contrato privado (de confianza) verbalmente. Ya tienes justificada la entrega.
Aunque me temo que no es eso lo que necesitas realmente,
Saludos,
jbr