Ojalá tengáis razón, pero entonces me pregunto ¿qué sentido tiene el 'aprobado' entre paréntesis?. De ser como lo habéis interpretado vosotros está rematadamente mal redactado pues el paréntesis ahí no puede hacer referencia a otra cosa que a la prueba presencial y al 6'5 en cuestión al que está supeditada la PEC "cualquiera que fuese su calificación".
Vamos, si los paréntesis los usan como los tienen que usar, el 'aprobado' haría referencia a 6'5. Dicho de otro modo, se podrían intercambiar entre sí: "...cualquiera que fuese su calificación, no se procederá a hacer esta media si la calificación de la prueba presencia es inferior a aprobado (6'5).
Estaré obtuso a estas horas, pero por más vueltas que le doy no veo otra interpretación posible. Espero equivocarme, claro
