A mi el que me deja el cerebro echo un cacao es el de la caducidad y la prescripción.No se como explicarlo coherentemente 
Explicación a mi manera.
Tanto la caducidad, como la prescripción, es la inactividad de una persona jurídica, sobre un derecho, una obligación o un procedimiento.
La prescripción siempre la tienes que alegar, la administración no lo hará, ni la otra parte. Es un plazo para que ciertas cosas, no todas las relaciones jurídicas o hechos ...., prescriben. Si durante ese plazo de inactividad, haces cualquier acto jurídico que rompa con esta, se interrumpe la misma. Para algunas cosas son periodos muy largos e incluso ni existen
plazos(genocidio, da igual cuantos años hayan pasado).
La caducidad, son plazos mas cortos, tambien sobre la inactividad, pero está mas asociado a procedimientos(los plazos en los que se tiene que instruir, solicitar cosas...) , y la administración puede de oficio, es decir por si misma, reconocerla, o si no tu la alegas.
Esto es para que cojas una idea, espero que te aclares.